《星际迷航：精英力量 2》关卡设计师兼首席脚本设计师本森 · 拉塞尔透露，游戏原本包含一段星际舰队学院遭袭的剧情，但 2001 年 9 月 11 日纽约发生袭击后，开发团队只能重写故事。